El Programa de Investigación en Neurociencias nace en 1999 como Proyecto Neurociencias, impulsado por el Dr. Jaime Fornaguera Trías, su actual director, en colaboración con distinguidos científicos del ámbito costarricense como el Dr. Pedro León Azofeifa (Biología Celular) y el Dr. Henning Jenssen (Psicología). El proyecto busca establecer un centro de investigación y formación docente dirigido a diversas áreas del quehacer científico relacionadas con el funcionamiento del sistema nervioso central, en un ambiente multidisciplinario y de cooperación con diversos centros dedicados a la investigación en este campo.

La actividad científica en áreas relacionadas con la neurociencia como neurogenética, neuroquímica, psicobiología y farmacología, existe en nuestro país, desde antes de la creación del Programa de Investigación en Neurociencia, sin embargo habían permanecido aislados unos de otros. El proyecto nace también como un esfuerzo para aglutinar científicos de varias áreas relacionadas con el tema para, en una primera fase, formar masa crítica que permita evaluar y analizar desde diversos puntos de vista, las necesidades, los objetivos, los avances y las capacidades de cada uno dentro de su microambiente y como éstas pueden ser sustentadas o complementadas por otras disciplinas involucradas en el programa.

Originalmente, se establecen tres líneas de investigación fundamentales: Enfermedades neurodegenerativas, neurociencias cognoscitivas y neurogenética, las cuales se sustentaron, en el momento de la creación del programa en proyectos ya inscritos ante la Vicerrectoría de Investigación de la Universidad de Costa Rica, como por ejemplo, el modelo animal de 6-OHDA para el estudio de la enfermedad de Parkinson, con el cual se inician las primeras caracterizaciones conductuales y neuroquímicas, en el contexto del Proyecto de Neurociencias.

Se fijan también como objetivos concretos el desarrollo de modelos animales y alternativos para estudiar problemas específicos con importancia para la investigación básica y clínica, como un modelo para la enfermedad de Parkinson y modelos para la detección de drogas ansiolíticas, analgésicas, favorecedoras de memoria y aprendizaje, antidepresivos y antiestrés, así como la detección de polimorfismos genéticos asociados a diferentes parologías. Se plantea también, en esta etapa inicial, el establecimiento de un laboratorio de análisis neuroquímico utilizando HPLC-EC para la detección de Catecolaminas y otros Neurotransmisores; así como el trabajo en conjunto con servicios de Neurología de distintos hospitales nacionales. En el ámbito docente se plantea el objetivo de formar un lugar para permitir el desarrollo de proyectos de tesis a nivel de grado y post grado.

En el año de 2002, la Vicerrectoría de Investigación de la Universidad de Costa Rica le confiere al proyecto, carácter de Programa Institucional, por sus características. Formándose  así el Programa de Investigación en Neurociencia.

En el contexto de este programa han participado gran número de estudiantes con interés en el área de la neurociencia, y muchos han desarrollado sus tesis de grado en carreras como Farmacia, Ingeniería, Psicología, Biología y Biotecnología; así como tesis de post grado en Maestrías de Biología, Bioquímica y Nutrición. Cuenta con un equipo multidsciplinario de 9 investigadores principales y un número considerable de asistentes, con formación en diferentes áreas como Biología, Psicología, Biotecnología, Farmacia, Microbiología, Filosofía, Orientación y Medicina. Muchos de los asistentes e investigadores han tenido la oportunidad de realizar cursos y pasantías relacionadas con sus proyectos en diferentes países de América Latina y Europa, así como también, estudios de postgrado en Europa.

Actualmentes se llevan a cabo varias tesis de maestría y proyectos, principalmente en el área de conducta y genética, algunos de los cuales se desarrollan en colaboración con el Instituto de Investigaciones en Salud. El Programa cuenta con una importante red de cooperación externa, forma parte de la red Alfa y de la Red de Macrouniversidades de América Latina y el Caribe.

También ha servido de canalizador para múltiples  actividades académicas como conferencias de científicos de diferentes paises, cursos de neurociencia y talleres. Organiza además exposiciones semanales de temas relacionados con los proyectos en curso y también de temas atractivos para el público en general.