Opinión

Capacitación sobre bioinformática en México

Dr. Allan Orozco Solano

Charla magistral a investigadores del CIBNOR, México

La Universidad de Costa Rica (UCR) participó en una capacitación sobre bioinformática en México. El curso “Microarrays y Secuenciación de Nueva Generación (NGS)” impartido en la provincia de la Paz, México, fue organizado por el Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste (CIBNOR), el cual forma parte de la Secretaria Nacional de Ciencia y Tecnología de México (SENACYT) y es un centro de investigación puntero en investigaciones en biología marina en América Latina.

En esta capacitación se realizó del 17 al 29 de mayo del 2015 con una colaboración muy activa de nuestra Institución, junto con la Universidad Autónoma de Nuevo León y la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI de European Bioinformatics Institute) de Inglaterra y la Universidad Estatal de Iowa en Estados Unidos de América.

El curso tuvo carácter nacional y participaron investigadores, estudiantes y profesores mexicanos provenientes de organizaciones, universidades e institutos como el Instituto Politécnico Nacional (IPN), el Instituto de Neurobiología, la UNAM, el Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica (IPICYT), la Universidad Autónoma de Nuevo León, la Universidad Autónoma de Baja California Sur, la Universidad Juárez del Estado de Durango, la Universidad Autónoma de Sinaloa, el Instituto Tecnológico de La Paz y el CIBNOR.

La capacitación fue impartida a unas 50 personas entre ellas estudiantes de doctorado e investigadores mexicanos que fueron formados en tecnologías de NGS, RNAseq y Chip Seq.

La UCR estuvo representada por mi persona en representación del Programa de Ciencias Biomédicas y de la Maestría en Bioinformatica y Biología de Sistemas y parte del grupo docente de NGS.

Una de las novedades es que se impartió una charla específica sobre el funcionamiento del clúster NELLY, localizado en el Centro de Informática de la UCR (reconocido por Universidad de John Hopkins, líder mundial en investigación biomédica) uno de los replicadores mundiales de servicios GALAXY (NGS: VCF, SRA, SAM, BAM y chips ADN) y desarrollo de tecnología bioinformática en el campo medico y biológico.

Esto implicó la capacitación de los participantes en el uso de tecnología bioinformática costarricense. Entre los temas de capacitación estuvieron: Cloud Biocomputing, Chip SEq Analysis, RNA-seq Analysis - Differential expression analysis, novo assembly and annotation protocol for mRNASeqR, Next generation Secuencing (Ensamblaje, Alineamiento, Anotación estructural y funcional, y calidades), etc.

Asimismo se impartió en el auditorio de postgrado de CIBNOR una conferencia magistral en diseño de sistemas bioinformáticos en nano-biotecnología y biología computacional en medicina molecular.

Para los próximos meses se impartirá otra capacitación en Guatemala y en Colombia, en esta última otra vez en colaboración con el EBI, donde se empleará el clúster NELLY de Bioinformática de la UCR.

La solicitud de participación de la UCR en estas capacitaciones pone a la UCR, su clúster y su posgrado de Maestría de Bioinformatica como uno de los líderes regionales en dicho campo.