El Fondo Semilla está dirigido a personas académicas que están iniciando su carrera en el campo de la investigación, pero no se limita a personal que ingresó recientemente a la UCR. Tiene como objetivo impulsar el desarrollo de personas investigadoras que conforman el semillero para que en el futuro conformen o sean parte de equipos consolidados de la Universidad. La persona investigadora principal puede contar con apoyo de un grupo de investigación consolidado.
El Fondo Semilla consiste en el apoyo por parte de la Vicerrectoría para diez proyectos que cumplan los estándares de calidad requeridos, los cuales serán distribuidos por igual entre las áreas académicas, así como sedes regionales y recintos.